今天与大家分享的是英矽智能(Insilico Medicine)研究小组发表在arxiv上的“利用AlphaFold加速人工智能赋能的药物发现:高效发现CDK20的小分子抑制剂。”

AlphaFold计算机程序预测了整个人类基因组的蛋白质结构,被认为是人工智能(AI)应用于结构生物学的显著突破。尽管置信度不同,这些预测的结构仍然可以大大促进基于结构的药物设计(SBDD),特别是对于那些没有可用的蛋白结构信息或蛋白结构信息有限的新靶点。
在这项工作中,研发团队地将AlphaFold应用于端到端人工智能药物发现引擎中,该引擎由一个生物计算平台PandaOmics和生成化学平台Chemistry42组成。以低成本和高效率的方式,发现了一个针对没有可用的蛋白结构信息的新型靶点的潜在全球首创(first-in-class)苗头化合物。
在这个过程中,PandaOmics提供了一系列,Chemistry42基于AlphaFold预测的结构生成小分子化合物,科学家们合成被选中的化合物,并在生物学试验中展开测试。通过这种方法,该团队在30天内仅合成测试了7个化合物,就确定了一个针对CDK20的小分子苗头化合物(Kd=8.9 ± 1.6 µM)。
据我们所知,这是第一个公布的针对CDK20的小分子化合物,更重要的是,这项工作首次将AplhaFold应用于苗头化合物的确定,展现了AlphaFold在早期药物发现过程中的助力。
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