2021年12月31日,FDA-NCTR生物信息学和生物统计学部的刘智超、童伟达等人在Toxicological Sciences杂志发表文章,提出了一个基于深度生成对抗网络的框架,该框架从现有的动物数据中学习后,就可以根据药物的化学结构,生成多个时间和剂量条件下的体内转录组图谱,而无需额外的动物实验。

论文链接:
Tox-GAN是第一次尝试用生成对抗网络替代动物来探索毒理基因组学的研究。

图1. Tox-GAN的工作流程
(A)Tox-GAN模型开发。首先,四类信息(分子描述符、持续时间、剂量和训练集的高斯噪声)的联合信息作为生成器G的输入,用于生成转录组图谱。第二,用自动编码器从真实的转录组图谱中生成真实的转录组图谱的表征。第三,鉴别器D对生成的转录组图谱和真实的转录组图谱进行区分。这个过程直到鉴别器D不能区分生成的和真实的转录组图谱时才算结束。(B) Tox-GAN模型评估。优化的Tox-GAN模型被用来生成测试集的转录组图谱,并在强度、差异倍数和病理结果水平上进行评价。(C) Tox-GAN模型的应用。开发的Tox-GAN模型被应用于28天重复剂量的毒性研究、毒理学预测(如肝脏坏死预测)和交叉参照。
内容中包含的图片若涉及版权问题,请及时与我们联系删除


评论
沙发等你来抢