2022年5月30日,来自韩国首尔国立大学生物科学学院的Martin Steinegger和哈佛大学FAS科学部的Sergey Ovchinnikov等人在Nat Methods杂志发表文章,介绍了一个快速和易于使用的蛋白质结构预测工具ColabFold。

ColabFold通过将MMseqs2的快速同源搜索与AlphaFold2或RoseTTAFold相结合,提供了蛋白质结构和复合物的加速预测。ColabFold的搜索速度提高了40-60倍,并且优化了模型的利用,在一台有图形处理单元的服务器上每天可以预测近1000个结构。与Google Colaboratory相结合,ColabFold成为一个免费的、可获得的蛋白质折叠平台。

ColabFold开源:

https://github.com/sokrypton/ColabFold

新型环境数据库:

https://colabfold.mmseqs.com

 

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