ICML 2022 | Pocket2Mol:基于3D蛋白质口袋的高效分子采样

论文链接：https://arxiv.org/abs/2205.07249

代码链接：https://github.com/pengxingang/pocket2mol

今天给大家分享的是北京大学马剑竹团队发表在ICML 2022上的一篇论文“Pocket2Mol: Efficient Molecular Sampling Based on 3D Protein Pockets。作者提出了E(3)等变生成模型——Pocket2Mol，利用基于向量的神经元和几何向量感知器作为学习蛋白质口袋施加的化学和几何约束，同时提出了一个新的高效采样算法，可以在不依赖马尔科夫链蒙特卡洛方法(MCMC)的情况下根据口袋表示条件从可处理的分布中采样新的候选药物。实验结果表明，从Pocket2Mol中采样的分子具有明显更好的结合亲和力和其他药物性质，如类药物和合成可及性。

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