本文介绍PMO(Practical Molecular Optimization),至今为止最大型的一个分子优化benchmark。文章题为Sample Efficiency Matters: A Benchmark for Practical Molecular Optimization[1],由MIT的Connor Coley组和UIUC的Jimeng Sun组共同完成。在本文中,作者实现/收集/扩展了25种分子优化的代表性方法,并且测试了每一种方法在23个优化性质上的性能(5次独立测试),提出了AUC Top-X的metric,着重对比了算法的优化效率(sample efficiency),在实现分子优化算法的真正应用的道路上迈出了关键的一步。

论文标题:

Sample Efficiency Matters: A Benchmark for Practical Molecular Optimization

论文链接:

https://arxiv.org/abs/2206.12411

代码已开源:

https://github.com/wenhao-gao/mol_opt

所有的方法都可以使用一行代码跑通,为将来的算法发展奠定了基础,提供了baseline。

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