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微末生物
Nanomega CryoAI
在细胞的微观世界里,有一个至关重要的 “守护者”—— 端粒酶,它默默地守护着染色体的端粒,维持着细胞的正常生命活动。端粒酶是一种核糖核蛋白(RNP)复合物,它能够延长线性染色体 3' 末端的端粒 DNA,从而抵消因 DNA 复制和核酸降解过程导致的 DNA 损耗。端粒就像是染色体末端的 “帽子”,在细胞每次分裂时,这顶 “帽子” 都会被磨损一点,当 “帽子” 被磨损殆尽,细胞就会走向衰老甚至死亡。而端粒酶则能够像一个勤劳的 “修补匠”,不断为端粒补充 “材料”,让端粒保持完整。虽然端粒酶在体细胞中大多处于无活性状态,但在干细胞中具有活性,并且在大多数癌细胞系中表现出高活性,对于癌细胞的无限增殖表型而言,端粒酶的活性至关重要。它是衰老、肿瘤发生和干细胞更新过程中的重要调节因子。因此深入研究端粒酶的结构和功能,对于我们理解衰老、攻克肿瘤以及推动干细胞治疗等领域的发展具有重要意义。
美国加州大学分子与细胞生物系Juli Feigon和Z. Hong Zhou教授团队通过冷冻电镜揭开了端粒酶的神秘面纱。本研究以约 9 埃分辨率报告了嗜热四膜虫端粒酶的冷冻电镜结构。除了已知的七种全酶蛋白外,还鉴定出另外两种蛋白,它们与单链端粒 DNA 结合蛋白 Teb1 形成一个复合物(TEB),该复合物与异源三聚体复制蛋白 A(RPA)是旁系同源物。p75 - p45 - p19 亚复合物被鉴定为另一种与 RPA 相关的复合物,即 CST(CTC1 - STN1 - TEN1)。这项研究揭示了 TER 在 TERT - TER - p65 催化核心中的路径以及单链 DNA 的出口;TERT 关键的 N 端结构域、p50 和 TEB 之间广泛的亚基相互作用;以及其他亚基的身份和结构,包括 p19 和 p45C 的晶体结构。总的来说,本研究通过解析嗜热四膜虫端粒酶的冷冻电镜结构,发现新亚基并揭示其功能及相互作用,为理解端粒酶全酶功能提供了结构和机制方面的见解。
端粒酶是如何维护染色体末端的?
端粒酶就像细胞的“延长工具”,专门负责修复染色体末端的保护帽(端粒)。每次细胞分裂时端粒会缩短,端粒酶通过添加特定重复序列(如人类的TTAGGG)来延缓缩短,维持细胞活力。端粒酶主要由RNA模板(TER)和逆转录酶(TERT)组成。端粒酶的工作流程在不同生物之间存在差异。在人类中,由保护蛋白复合体(shelterin)中的TPP1-POT1像“导航”一样将端粒酶引导到端粒。端粒酶利用RNA模板合成富含G的DNA链(如TTGGGG)。另一组蛋白(CST复合物)招募DNA聚合酶α,合成互补的C链,形成完整双链。酵母则使用Est1等特有蛋白辅助招募端粒酶。在嗜热四膜虫(单细胞生物)中, 端粒酶结构稳定,易于研究,目前研究已发现其包含Teb1(类似DNA结合蛋白RPA)和新型复合物CST(帮助C链合成)。
在本研究中,研究者们通过冷冻电镜等技术,看清了嗜热四膜虫端粒酶的精细结构:
核心(TERT-TER-p65):RNA环绕在逆转录酶周围,形成工作核心。
枢纽蛋白p50: 像“连接器”一样将核心与其他辅助蛋白(如Teb1、p75-p45-p19复合物)结合,大幅提升合成效率。
DNA出口路径: 揭示了新合成的DNA如何离开酶结构,为理解工作机制提供线索。
显微镜下的端粒酶拼图:
看清细胞“修补匠”的全貌
通过高精度的冷冻电镜技术,成功“拍”到了嗜热四膜虫(一种单细胞生物)端粒酶全酶的清晰照片,分辨率高达9.4 Å(1 Å = 0.1纳米),甚至部分区域达到了8.9 Å。这让我们能够看清端粒酶的精细结构,就像拼图一样,逐步还原它的全貌。研究者在嗜热四膜虫的端粒酶逆转录酶(TERT)上加了一个特殊标签(FZZ),方便从细胞中“钓”出完整的端粒酶全酶。然后使用冷冻电镜技术拍摄了数万张端粒酶的照片,并通过计算机将这些照片拼合成三维结构。
结果发现:端粒酶由多个部分组成,包括核心(TERT-TER-p65)、辅助蛋白(Teb1-Teb2-Teb3)和动态复合物(p75-p45-p19)。通过高分辨率图像,研究者还发现了一些新细节:首先,Teb1C蛋白的位置与之前猜测的不同,它位于TEN结构域后方,而假结(PK)则移到了另一侧。除此之外,p75-p45-p19复合物被发现是一个类似RPA(DNA结合蛋白)的三聚体,属于CST复合物家族,负责端粒的保护和复制。将这些部分像拼图一样组合起来,发现它们通过一个中心枢纽蛋白p50连接在一起,形成一个复杂的相互作用网络。

图1 四膜虫端粒酶全酶的冷冻电镜重建
(A)9.4 nm低温电镜图的前视图,催化核心Teb 1C-Teb 2N-Teb 3(TEB)、p75 C-p45 N-p19(CST)和p50 N分别用蓝色、金色、铜色和红色着色。
(B)TERT-TER-p65催化核心、Teb 1C-Teb 2N-Teb 3和p75 C-p45 N-p19的伪原子模型的9.4 μ m cryo-EM图(灰色表面)的前视图。
(C)(B)中所示的低温EM图和伪原子模型的侧视图。
(D) 8.9 mm冷冻-EM标测图的后视图,颜色如(A)所示。
(E) 8.9 μ m cryo-EM图的后视图,显示TERT-TER-p65和Teb 1C-Teb 2N-Teb 3的假原子模型。
(F)TER螺旋结构域PK、SL 2、S1和SL 4以及TEN结构域拟合到8.9 μ m cryo-EM图谱中的特写视图。TERT结构域是TEN(青色)、TRBD(深蓝色)、RT(紫色,IFD标记为紫色)和CTE(浅蓝色)。其他蛋白质和TER单独着色。
端粒酶的“环形剧场”
揭开细胞修理匠的舞台秘密
研究者通过冷冻电镜和晶体结构数据,揭示了嗜热四膜虫端粒酶逆转录酶(TERT)的精细结构。TERT由三个主要部分组成:RNA结合域(TRBD)、逆转录酶域(RT)和C端延伸域(CTE),它们形成一个环形结构,像一个“环形剧场”。TEN结构域位于环形的一侧,堆叠在CTE上,负责处理DNA和维持端粒酶的活性。端粒酶RNA(TER)则像一个“剧本”,包含模板、假结(PK)和激活结构域(SL4),环绕在TERT环上。模板从RT域底部穿过,负责合成端粒重复序列,而PK位于环的另一侧,像一个“棘轮扣”,帮助TER正确折叠并锁定在TERT环上。p65蛋白则像“导演”,通过与TER的SL4结合,促进端粒酶的活性和稳定性。研究者还发现,TER的模板边界元件(TBE)和S2结构像“锚点”,防止模板以外的部分被拉入活性位点,确保端粒酶精确合成端粒序列。这些发现揭示了端粒酶如何通过复杂的环形结构和RNA-蛋白质相互作用,完成染色体末端的修复任务,为理解细胞衰老和癌症提供了重要线索。

图2 TERT-TER-p65催化核心的结构
(A)TERT的模型结构,显示推定的IFD(浅紫色)、活性位点催化三联体残基(红色)、接头(蓝色虚线)和TER TRE。
(B)TER的二级结构。CTE和TRBD在TER上的位置用虚线表示。
(C)从TERT的活性位点侧观察的TERT环-TER的假原子模型,显示TBE-模板-TRE和TERT上的L4。
(D)8.9微米低温-EM图的前视图,显示TER的伪原子模型。
(E)准原子模型TERT-TER-p65催化核心的前视图。IFD的推定位置显示为紫色椭圆形。
(F)8.9 nm cryo-EM图和假原子模型的一个区域,显示TRBD(螺旋α8)和CTE(螺旋α 22 a,残基975至983)界面处的L4。四膜虫属TERT二级结构元件的编号遵循拟谷盗属TERT结构的编号。
细胞修理匠也有“隐藏队友”
研究者在研究嗜热四膜虫端粒酶时,发现了一个有趣的现象:尽管已知Teb1蛋白是端粒酶的重要组成部分,但在冷冻电镜图像中,Teb1的某些区域(如Teb1C)清晰可见,而旁边却有一个“神秘凸起”,无法用已知蛋白解释。
通过进一步分析,研究人员推测这个凸起可能来自两个未被发现的蛋白,它们与Teb1形成类似RPA(复制蛋白A)的三聚体结构。为了验证这一猜想,研究者使用质谱技术分析了端粒酶的组成,果然发现了两个新蛋白(Teb2和Teb3)。这两个蛋白与Teb1一起组成了一个全新的复合物,命名为TEB。TEB与RPA类似,但专门结合端粒的单链DNA(G链),帮助端粒酶完成修复任务。有趣的是,Teb2和Teb3的表达水平与RPA的大亚基Rfa1相似,远高于其他端粒酶蛋白,这表明它们可能在细胞中扮演多重角色,既参与端粒修复,也可能参与其他DNA相关过程。

图3 两个以前未知的全酶蛋白Teb2和Teb3的鉴定
图片所示为8.9 μ m cryo-EM图的旋钮和Teb 1C区域的两个视图,其中Teb 1C-Teb 2N-Teb 3模型基于RPA 70 C-RPA 32 N-RPA 14拟合到cryo-EM图中,然后用Teb 1C替换RPA 70 C,RPA 70 C C-末端α螺旋除外。TEN结构域以青色显示。用虚线突出显示Teb 1C、Teb 2N和Teb 3的C-末端残基之间的三螺旋束(从RPA建模)。插图显示了全酶的相应后视图以供参考。
端粒酶的“精密齿轮”:
TEN结构域如何成为细胞修理匠的
核心枢纽?
TEN结构域位于端粒酶核心(TERT环)的一侧,紧邻逆转录酶活性位点,像“控制台”一样协调端粒酶的组装和运作。它与多个关键蛋白(p50、Teb1C、Teb2N)直接接触,形成一个三角形网络,确保各部件紧密协作(图4A-C)。TEN结构域上的两个氨基酸(K90和R137)被证实为“关键按钮”。当它们被替换(如K90A突变),端粒酶的活性显著下降,说明这些位点对p50的激活作用至关重要(图4F)。实验中还发现,TEN特有的“β发夹结构”像一把钥匙,插入p50和Teb蛋白之间,若替换这个结构(如用GSSG替代),端粒酶将完全失去活性支持(图4B)。
p50蛋白的N端结构域(p50N)与人类TPP1蛋白的OB折叠结构类似,两者都能通过与TEN结构域结合,大幅提升端粒酶的持续合成能力(RAP)。冷冻电镜图像显示,p50像“桥梁”一样连接TEN和Teb1-Teb2-Teb3复合物,形成稳定的相互作用网络(图4A)。当p50缺失或被破坏时,端粒酶无法高效合成端粒重复序列,证明它在功能上类似于人类TPP1,是招募和激活端粒酶的关键角色。
TEB复合物是端粒酶的“稳定器”。Teb1与Teb2、Teb3组成“TEB复合物”,专门结合端粒单链DNA(G链)。实验发现,Teb1的C端α螺旋(ΔCTαH)若被删除,端粒酶在体内根本无法组装,说明Teb2和Teb3像“支架”一样稳定Teb1的结构(图4D-E)。当Teb1与Teb2-Teb3共同存在时,端粒酶的活性显著提升;单独使用Teb1则效果有限,表明TEB复合物通过协同作用增强端粒酶的稳定性和效率(图4E)。
这些发现首次在近原子水平上展示了TEN结构域如何通过多蛋白网络协调端粒酶的组装和功能,修正了此前对假结(PK)直接参与催化的错误假设。

图4 p50、TEN、IFD、Teb1C、Teb2N和Teb3之间的亚基相互作用
发展端粒酶的“新伙伴”
科学家通过X射线晶体学和冷冻电镜技术,揭示了嗜热四膜虫端粒酶中一个全新的蛋白复合物——p75-p45-p19,并发现它与已知的CST复合物(在酵母、植物和哺乳动物中发现)在结构和功能上高度相似。
拆分来看:p19的晶体结构与人类Ten1蛋白的OB折叠结构相似,表明它可能是Ten1的同源物。p45由两个独立折叠的结构域组成,N端结合p19,C端包含两个翼状螺旋(WH)结构域,类似于Stn1蛋白。p75通过其N端与p50结合,可能包含多个OB折叠结构域,是复合物的核心支架。
p75-p45-p19复合物通过p75与p50的相互作用,连接到端粒酶核心,但其功能与TEB复合物(Teb1-Teb2-Teb3)不同。实验表明,p75-p45-p19对端粒酶活性的刺激作用较弱,且不会显著增加端粒重复序列的持续性合成(RAP),这与TEB复合物的强效作用形成对比。
CST复合物在酵母、植物和哺乳动物中已被广泛研究,主要参与端粒的保护和C链合成。此次在嗜热四膜虫中发现p75-p45-p19,首次证明CST复合物在纤毛虫中也存在。尽管不同生物的CST蛋白序列差异较大,但它们的结构域组成(如OB折叠和翼状螺旋)高度保守,表明它们在功能上具有相似性。

图5 p75-p45-p19作为四膜虫CST复合体的鉴定
(A)p19的晶体结构,OB折叠。
(B)p75 C-p45 N-p19模型基于RPA 70 C-RPA 32 N-RPA 14拟合到9.4 μ mol/L冷冻-EM图谱中,然后用p19替换RPA 14,RPA 14 C-末端螺旋除外。p19 α2和α3代表针尖末端的密度。金色和橙子箭头分别指向p19和p75 C末端的位置,之前通过负染EM中的Fab标记确定(29)。p75、p45 N和p19的C-末端残基之间的三螺旋束(从RPA建模)用虚线表示。
(C)p45 C的晶体结构,WH-WH结构域。β5与晶格中的相邻蛋白质发生结构域交换。
(D)(上图)四个典型的p45-Fab标记的端粒酶全酶颗粒的负染EM图像,显示了在全酶附近的不同位置与p45的C末端结合的3个Fab簇。每个图像框的边长为44 nm。(底部)端粒酶和Fab的相应轮廓分别以黑色和蓝色显示。红点表示p45 C(连接至3个Fab)和p45 N(在端粒酶上)结构域;虚线表示接头。
追踪染色体末端的修复路径
揭秘端粒酶的“DNA出口”
接下来,研究者设计了一段短端粒DNA,并在其5'端添加了生物素标记(一种“分子挂钩”),同时使用锁核酸(LNA)增强稳定性。这段DNA的前6个核苷酸与端粒酶的RNA模板结合,后13个核苷酸则延伸出来,模拟端粒DNA的合成过程。利用链霉亲和素(一种能结合生物素的蛋白质)将两个端粒酶全酶连接在一起,形成二聚体。这种方法帮助研究者在电镜下清晰观察到DNA的位置。
通过负染色电镜图像,科学家发现DNA从端粒酶的“背面”离开模板,朝向Teb1C(一种与DNA结合的蛋白)方向延伸(图6B-D)。这一路径表明,Teb1C可能负责捕获新合成的DNA,确保其正确释放并整合到染色体末端。实验还发现,无论DNA是否结合,端粒酶的核心结构(TERT)并未发生大规模变化。这说明端粒酶在合成DNA时保持稳定,不会因DNA的加入而“变形”。该实验成功追踪了端粒DNA在端粒酶上的“行走路径”,揭示了DNA如何从模板上释放并整合到染色体末端。

图6 端粒ssDNA从四膜虫端粒酶全酶的背面存在
(A)用引物生物素-链霉亲和素-生物素-引物二聚化的端粒酶全酶的负染EM类平均值。每个图像框的边长为42 nm。
(B和C)二聚体端粒酶全酶的随机锥形倾斜(RCT)重建。
(C)中的两种端粒酶全酶之一由于两种全酶相对于彼此的灵活定位而显示出不可解释的特征。
(D)端粒酶全酶(灰色表面)和引物连接的链霉亲和素位置(黑色虚线圆圈)的9.4 μ m冷冻-EM图谱,如(B)和(C)中通过负染EM RCT重建鉴定的。通过拟合RPA:ssDNA复合物(PDB ID 4GNX)的晶体结构,对通过Teb 1C离开的Teb 1B(紫色)和ssDNA(绿色)进行建模。
端粒酶的“分子工厂”
揭开细胞修理匠奥秘
通过高分辨率结构解析,研究者揭示了端粒酶如何像一个“分子工厂”一样,通过TER、TERT、TEB和CST复合物的精密协作,完成染色体末端的修复任务。
首先,端粒酶有“三大模块”,分别是:
①催化核心(TERT-TER-p65);
TERT:端粒酶的核心“引擎”,负责合成DNA。
TER:RNA模板,像“设计图”一样指导DNA合成。
p65:帮助TER正确折叠并与TERT结合。
②TEB复合物(Teb1-Teb2-Teb3);
Teb1:结合端粒DNA,确保新合成的DNA正确释放。
Teb2和Teb3:稳定Teb1的结构,增强端粒酶的活性。
③CST复合物(p75-p45-p19);
p75、p45、p19:类似于其他生物中的CST复合物,可能在端粒保护和C链合成中发挥作用。
其次,TER像一条“丝带”环绕在TERT环上,与TERT的四个结构域(TRBD、RT、CTE、TEN)紧密接触,确保模板RNA正确引导DNA合成。TEN结构域位于TERT环的一侧,与TER、Teb1、Teb2和p50相互作用,像一个“控制台”协调端粒酶的组装和功能。新合成的DNA从模板RNA的3'端延伸出来,朝向Teb1C方向移动。科学家通过链霉亲和素标记实验,确认DNA从端粒酶的“背面”离开,最终被Teb1捕获(图6B-D)。TEN结构域不仅帮助处理单链DNA,还可能参与DNA与模板RNA的分离,确保DNA正确释放并整合到染色体末端。嗜热四膜虫的TER与TERT相互作用模式在其他生物中也高度保守,例如人类TER的假结(PK)和茎环结构(P6.1)可能与TERT以类似方式结合。尽管不同生物的CST复合物序列差异较大,但它们的结构域组成(如OB折叠和翼状螺旋)高度相似,表明它们在功能上具有一致性。

图7 完整四膜虫端粒酶全酶和DNA出口路径示意图
(A) 与p50连接的四膜虫端粒酶催化核心、TEB和CST复合物的亚基和结构域的排列,如前视图所示。由柔性接头连接且在冷冻-EM图中不可见的结构域以椭圆形轮廓示出。
(B) 具有端粒ssDNA的建议路径的全酶的排列,如后视图所示。Teb 1AB结构域被认为是有序的DNA结合时。
总结
本文通过冷冻电镜、晶体学等技术,深入研究嗜热四膜虫端粒酶。发现其是由 TERT - TER - p65 催化核心、TEB(Teb1 - Teb2 - Teb3 )、CST(p75 - p45 - p19)三个通过 p50 相连的三元复合物构成的复杂核糖核蛋白。催化核心中,TER 与 TERT 主要通过 t/PK 结构域和 L4 相互作用,TEN 结构域对催化循环至关重要。研究端粒酶与端粒 DNA 复合物发现,端粒 DNA 从端粒酶背面离开模板并朝向 Teb1C,还构建了端粒 DNA 路径模型。此外,嗜热四膜虫端粒酶中两种 RPA 相关复合物的发现,为理解人类 TPP1 - POT1 和 CST 的相互作用及功能提供参考。总之,该研究为端粒酶作用机制提供新见解,揭示了不同生物端粒酶在作用和调控上的共性。
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#衰老 #Cryo-EM #蛋白质 # 多蛋白复合物 # 端粒酶
加州大学洛杉矶分校化学与生物化学系Jiansen Jiang等为本文第一作者。
Juli Feigon为本文通讯作者。
原文链接:https://www.nature.com/articles/nature12062
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