Floating Anchor Diffusion Model for Multi-motif Scaffolding

Motif scaffolding旨在设计支架结构，以构建具有所需基序功能的蛋白质，这对于疫苗和酶的设计至关重要。以前的工作通过修补或条件生成来解决问题。它们都只能支架具有固定位置的基序，而条件生成不能保证基序的存在。然而，在蛋白质中相对基序位置的先前知识不容易获得，并且构建具有多个功能的蛋白质更为普遍和重要，因为这些功能之间具有协同作用。我们提出了一种浮动锚扩散（FADiff）模型。FADiff允许基序在扩散过程中自由刚性地浮动，从而保证了基序的存在并自动化了基序的位置设计。我们的实验表明，FADiff具有高成功率和可设计的新型支架的有效性。据我们所知，FADiff是第一个在不依赖蛋白质中相对基序位置的专业知识的情况下解决支架多个基序的挑战的工作。代码可在https://github.com/aim-uofa/FADiff获得。

本文旨在设计蛋白质的支架结构，以构建具有所需基序功能的蛋白质，解决了多个基序支架化的问题。

本文提出了一种名为FADiff的浮动锚扩散模型，允许基序在扩散过程中自由浮动并独立移动，从而保证基序的存在，并自动化基序位置的设计。

本文的亮点包括高成功率和可设计的新型支架，实验使用了多个数据集，并提供了开源代码。值得进一步研究。

在这个领域中，最近的相关研究包括基于补全或条件生成的方法，但这些方法只能支架固定位置的基序，而且不能保证其存在。