ABodyBuilder3: Improved and scalable antibody structure predictions

准确预测抗体结构是设计和开发单克隆抗体的核心任务，尤其是为了理解它们的可发展性和结合特性。在本文中，我们介绍了ABodyBuilder3，这是一种基于ImmuneBuilder的改进和可扩展的抗体结构预测模型。通过利用语言模型嵌入，我们在CDR环的建模中实现了新的最先进的准确性，并展示了如何通过谨慎的松弛策略进一步改善预测的结构。最后，我们将预测的局部距离差异测试纳入模型输出，以便更准确地估计不确定性。

论文旨在解决抗体结构预测的问题，以便更好地设计和开发单克隆抗体。

使用基于语言模型嵌入的方法提高CDR环的建模精度，并通过谨慎的松弛策略进一步改善预测结构，最后将预测的局部距离差异测试纳入模型输出，以更准确地估计不确定性。

论文提出了ABodyBuilder3，一种改进和可扩展的抗体结构预测模型，并在CDR环的建模中取得了新的最高精度。实验表明，ABodyBuilder3的表现优于当前领域中的其他模型，并且在多个数据集上进行了测试。此外，作者还开源了ABodyBuilder3的代码。

最近的相关研究包括：1）RosettaAntibody，2）AbPredict，3）DeepCDR。